Het samenwerkingsverband werkt met themagroepen die zorg dragen voor kennisdeling, kennisontwikkeling en beleidsvoorbereiding op een afgebakend inhoudelijk gebied dat relevant is voor passend onderwijs. Deze themagroepen bestaan uit medewerkers van scholen die aantoonbaar over specifieke inhoudelijke deskundigheid beschikken op het betreffende themagebied (vertegenwoordigers vanuit het werkveld). Gevraagd en ongevraagd kan de themagroep voorstellen ontwikkelen en advies uitbrengen aan het BePO bestuur over de verdere beleidsontwikkeling van het samenwerkingsverband. Het BePO bestuur kan een themagroep vragen onderzoek uit te voeren naar specifieke vraagstukken die binnen het samenwerkingsverband relevant zijn en hierover te rapporteren.

De volgende themagroepen zijn op dit moment actief binnen BePO: